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Os resultados deste estudo permitem concluir que a taxa de infeção de endoprotozoários foi mais elevada nos peixes de água doce cultivados (pisciculturas) do que nos peixes selvagens (Lago Borullus), e que a estação do verão foi a que registou a taxa de infeção mais elevada e que os protozoários mais prevalecentes na estação do verão foram a Eimeria spp e a Entamoeba em O. niloticus, enquanto que em C. gariepinus os parasitas sanguíneos foram os Trypansoma e a Babesia mais isolados. O estado de saúde dos peixes examinados (Oreochromis niloticus e Clarias garipinus) foi significativamente afetado pelos parâmetros da água, tais como o composto azotado e o estado bacteriológico. Os valores da contagem bacteriana total e da contagem total de coliformes correlacionaram-se positivamente com os fertilizantes orgânicos. Houve correlações positivas entre a água (composto azotado e estado bacteriológico) e a taxa de infeção de endoprotozoários. A concentração de metais pesados (Fe, Mn, Zn, Cu, Pb, Cd e Hg) na água foi mais elevada nas explorações do que no lago Borullus. Não há correlação entre a taxa de infeção e os níveis de metais pesados na água. A concentração de metais pesados nos órgãos é a seguinte: fígado > brânquias > músculos. Correlação negativa entre os resíduos de metais pesados nos tecidos dos peixes e a taxa de infeção.