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Há muitos factores responsáveis pelas perdas pós-colheita dos frutos acima referidos e um dos factores para as perdas pós-colheita são os microrganismos, capazes de desenvolver doenças nos frutos. Infecções latentes, como o minador de folhas dos citrinos (causado por Phyllocnistis citrella - praga), a mosca branca dos citrinos/ mosca negra dos citrinos (Dialeurodes citri; Aleurocanthus woglumi - inseto), a borboleta dos citrinos ou do limão (Papilio demoleus - praga em viveiros), o ácaro dos citrinos (Eutetranychus orientalis - inseto), a cochonilha armada (Aonidiella auriantii, A. citrina, A. orientalis, Chrysompahlus aonidum), cochonilhas moles (Coccus hesperidium, C. viridis) e afídeos (causados por Toxoptera citricida - vírus) são as doenças pós-colheita predominantes que causam perdas pós-colheita graves e afectam a qualidade dos frutos durante a cadeia de abastecimento. Os frutos não só transportam flora microbiana, como também aumentam a sua força enquanto passam da exploração agrícola para a mesa.