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La coccidiosi è di solito un'invasione acuta e la distruzione della mucosa intestinale da parte di protozoi dei generi Emeria o Isospora. I segni clinici includono diarrea, febbre, inappetenza, perdita di peso, deperimento e, in casi estremi, morte. Tuttavia, molte infezioni sono subcliniche. La coccidiosi è una malattia economicamente importante per bovini, ovini, caprini, suini, pollame, in cui possono essere colpiti sia il fegato che l'intestino tenue.