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As alterações patológicas na polpa e nos tecidos periradiculares são causadas por microrganismos e seus subprodutos. Para alcançar a cicatrização ideal do tecido periradicular e um melhor prognóstico do tratamento endodôntico, a eliminação completa dos microrganismos, seus subprodutos e tecido infectado é o principal objetivo da terapia endodôntica. A instrumentação mecânica, a irrigação antimicrobiana e os medicamentos intracanais são os métodos comumente empregados para eliminar a carga microbiana intracanal. No entanto, a instrumentação mecânica continua sendo o pilar da desinfecção do canal radicular, pois fornece uma plataforma para os outros dois métodos agirem. Desenvolvimentos contínuos têm sido feitos nos instrumentos rotativos de níquel-titânio desde a sua introdução na endodontia há quase duas décadas. ProTaper Next, K3XF e Hyflex CM são instrumentos rotativos recentemente introduzidos, fabricados por tratamento termomecânico de ligas de NiTi. O objetivo do presente estudo foi avaliar a eficácia desses sistemas rotativos de NiTi e instrumentos manuais, Hero Shaper e lima Nitiflex, na redução da população de Enterococcus faecalis nos canais radiculares.