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La resistenza agli antibiotici può essere definita come la capacità di un microrganismo di sopravvivere in presenza di un composto tossico (antibiotico o antisettico), permettendo ai batteri di moltiplicarsi in presenza del farmaco. La resistenza batterica può essere naturale o intrinseca e acquisita, e deve essere analizzata da diversi punti di vista (farmacocinetico, farmacodinamico, di popolazione, molecolare e clinico). La resistenza naturale o intrinseca è una proprietà specifica dei batteri, la sua comparsa è precedente all'uso di antibiotici e ha la caratteristica di essere inerente a una particolare specie. La conoscenza di questo tipo di resistenza è utile nella pratica, sia per il microbiologo che per il medico, poiché evita l'uso di antibiotici che presentano questo tipo di resistenza a certi batteri o gruppi di batteri. La resistenza acquisita è un vero cambiamento nella composizione genetica dei batteri e costituisce un vero problema nella clinica.