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O ADN é um alvo primário para os medicamentos nas células. Acredita-se que o modo de ação de muitos agentes quimioterapêuticos se deve à sua capacidade de se intercalar entre os pares de bases da dupla hélice do ADN. Geralmente, acredita-se que as atraquinonas exercem as suas ações biológicas através da ligação ao ADN, seguida de uma interferência na replicação e transcrição do ADN e da inibição da expressão genética. O design de pequenas moléculas de fármacos que têm como alvo seletivo o ADN, com altas afinidades de ligação, levou à descoberta de muitos fármacos anticancerígenos, antibióticos e antivirais. A maioria das moléculas direcionadas ao ADN inicia a sua ligação com o ADN de dupla hélice de forma não covalente, que posteriormente pode evoluir para uma ligação covalente. A ligação não covalente pode incluir empilhamento ¿, ligações de hidrogénio, interações eletrostáticas, transferência de carga e interações hidrofóbicas. Todas estas interações podem contribuir para o mecanismo de interação fármaco/ADN, pelo que o principal objetivo deste estudo é explorar a interação dominante. Esta informação é crucial para a conceção e desenvolvimento de novos fármacos.