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Molekulare Marker helfen bei der Auswahl von Merkmalen, die schwer zu bewerten sind, und bieten einen direkten Zugang zum Polymorphismus auf DNA-Ebene. Die konventionelle Gerstenzüchtung wird kritisch, wenn die Auswahl ausschließlich auf phänotypischen Daten beruht. Ziel war die Analyse und Bestimmung der genetischen Distanz zwischen 12 Gerstengenotypen, die an sieben Standorten in Südbrasilien angebaut werden. Die molekulare Analyse wurde mit Hilfe von 16 Mikrosatellitenmarkern durchgeführt, und die Mikromalzcharakteristiken waren an den verschiedenen Standorten/Genotypen stark von der Umwelt beeinflusst. Wenn man die genotypischen Daten mit den phänotypischen Daten in Beziehung setzt, erscheinen die Genotypen, die in Bezug auf die Malzqualität hervorstechen, in denselben Gruppen hinsichtlich der genetischen Vielfalt. Bei der Überprüfung der Verwandtschaft zwischen den Genotypen und der genetischen Vielfalt, die durch Mikrosatelliten ermittelt wurde, ergaben die genetischen Abstände jedoch eine größere Gruppenbildung im Vergleich zu den Ergebnissen der Mikromalzung allein. Die Verwendung dieser Marker zeigt daher eine größere Spezifität und kann sofort in Gerstenzuchtprogrammen eingesetzt werden.