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A biotecnologia é aplicada em muitos domínios da aquacultura, incluindo o domínio da nutrição. O custo da alimentação dos peixes representa cerca de 50% do custo das explorações marinhas, uma vez que depende principalmente da farinha e do óleo de peixe na formulação da dieta. Além disso, os peixes marinhos não dependem dos hidratos de carbono fornecidos na sua alimentação como fonte de energia e não os conseguem digerir eficazmente, pelo que dependem do óleo de peixe como principal fonte de energia e podem também depender de proteínas. A biotecnologia procura alternativas não convencionais à farinha e ao óleo de peixe, bem como ferramentas para melhorar a utilização de hidratos de carbono nos peixes, quer através da utilização de exoenzimas, probióticos, programação de peixes ou mesmo transferência de genes. A biotecnologia ajuda a controlar os surtos de doenças na maricultura intensiva, utilizando alternativas aos antibióticos. Recentemente, o conceito de refeição inteligente, dependente da adição de aditivos alimentares, começou a ser aplicado na aquacultura. A epigenética é um conceito recente na biotecnologia nutricional que é utilizado para programar os peixes através da nutrição. A biotecnologia é aplicada em sistemas de incubadoras, bioflocos e perifíton. Estão a ser desenvolvidas ferramentas biotecnológicas para melhorar e desenvolver o sector da maricultura e reduzir os custos de alimentação e de produção.