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A microbiologia endodôntica concentra-se na natureza infecciosa e no tratamento clínico da patologia endodôntica. Ela esclarece as espécies microbianas específicas envolvidas na patogênese das doenças periradiculares. É necessário compreender melhor as características e propriedades das bactérias e seus biofilmes, juntamente com as mudanças ambientais associadas à doença endodôntica, para desenvolver uma compreensão básica do processo da doença e uma base sólida para o tratamento eficaz das infecções endodônticas e aumentar o sucesso.