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Zamiast przesy¿ä tlen po stronie katody, wysy¿ana jest hydrogenaza, aktywator protonowy. Dodatnie jony wodoru, po dotarciu do katody, ¿¿cz¿ si¿ z elektronami i tworz¿ wodór przy u¿yciu aktywatora protonowego - hydrogenazy. Wodór ten mo¿e by¿ dalej wykorzystywany poprzez przekierowanie go do wlotu jako paliwo, dzi¿ki czemu wodór nie musi by¿ marnowany poprzez tworzenie wody. Tworzenie wodoru z jonów wodorowych i elektronów przy u¿yciu aktywatora protonowego hydrogenaza jest jednym z etapów metody zwanej biofotoliz¿.