Invece di inviare l'ossigeno al catodo, viene inviata l'idrogenasi, un attivatore di protoni. Gli ioni positivi di idrogeno, una volta raggiunto il catodo, si riuniscono con gli elettroni e formano idrogeno utilizzando l'attivatore protonico idrogenasi. Questo idrogeno può essere ulteriormente utilizzato reindirizzandolo all'ingresso come combustibile, in modo da non sprecare l'idrogeno formando acqua. La formazione di idrogeno tramite l'idrogenasi attivatrice di protoni dagli ioni idrogeno e dagli elettroni è una delle fasi del metodo chiamato biofotolisi.
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