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De nombreux facteurs sont responsables des pertes post-récolte des fruits susmentionnés et l'un d'entre eux est la présence de micro-organismes capables de développer des maladies des fruits. Les infections latentes telles que la mineuse des feuilles des agrumes (causée par Phyllocnistis citrella - ravageur), la mouche blanche des agrumes/mouche noire des agrumes (Dialeurodes citri ; Aleurocanthus woglumi - insecte), le papillon des agrumes ou du citron (Papilio demoleus - ravageur dans les pépinières), l'acarien des agrumes (Eutetranychus orientalis - insecte), les cochenilles cuirassées (Aonidiella auriantii, A. citrina, A. orientalis, Chrysompahlus aonidum), les cochenilles molles (Coccus hesperidium, C. viridis) et les pucerons (causés par Toxoptera citricida - virus) sont les principales maladies post-récolte qui causent de graves pertes post-récolte et affectent la qualité des fruits tout au long de la chaîne d'approvisionnement. Les fruits ne sont pas seulement porteurs d'une flore microbienne, mais leur force augmente lors de leur passage de la ferme à la table.