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Il cotone è la coltura tessile più importante al mondo e sostiene l'economia di diversi paesi. Il suo olio di semi è anche un'importante fonte di olio commestibile utilizzato per cucinare. La pianta del cotone è danneggiata da una serie di insetti parassiti che non solo ne riducono la resa, ma ne compromettono anche la qualità. Gli insetti si evolvono molto rapidamente con il passare del tempo e si sviluppano nuove razze che rappresentano una minaccia molto seria per la produzione di cotone e una grande sfida per i coltivatori. Per affrontare questa sfida è inevitabile sviluppare varietà resistenti agli insetti utilizzando tecniche di coltivazione moderne. La selezione assistita da marcatori è uno strumento molto prezioso per i coltivatori, che può essere utilizzato per sviluppare genotipi con un'architettura genetica desiderabile. Il metodo richiede la valutazione dei tratti fenotipici e la genotipizzazione con marcatori del DNA. I dati dei marcatori del DNA vengono utilizzati per mappare i QTL; solitamente le tecniche utilizzate per mappare i QTL nelle piante coltivate sono la mappatura a intervalli semplici, la mappatura a intervalli compositi, la regressione dei marcatori, la mappatura a intervalli compositi semplificata, i metodi bayesiani, l'analisi del locus a marcatore singolo e la mappatura a intervalli multipli.