Anja Milenkovi ( 23. Juni 1982 in Ljubljana) ist eine slowenische Fußballspielerin. Milenkovi begann während ihres Studiums an der Universität von Ljubljana mit dem Fussballspielen, von wo Sie im Sommer 2001 zum slowenischen Erstligisten Tiskarna Novo Mesto wechselte. Nach 3 Jahren mit dem Verein aus Novo Mesto und wechselte zum Ligarivalen NK Krka. Sie kam in Krka auf 56 Einsätze und erzielte dabei 9 Tore, dies verhalf ihr zum Transfer nach Italien, wo Sie im Sommer 2008 bei UPC Tavagnacco unterschrieb. Nach einer Saison in Italien wechselte Sie über den Brenner zum Österreichischen Superliga Verein SK Kelag Kärnten.