Os marcadores moleculares são a melhor ferramenta de assistência para a identificação do tipo de planta desejado a partir da enorme diversidade disponível. Os marcadores baseados no ADN são mais fiáveis e utilizados para o melhoramento das culturas. Uma gestão eficiente dos recursos genéticos, quer para conservação quer para utilização em programas de melhoramento vegetal, exige uma avaliação exacta e rápida dos níveis de diversidade genética e do grau de parentesco genético. Os RAPD provaram ser uma forma rápida, simples e pouco dispendiosa de avaliar a diversidade genética, identificar cultivares estreitamente relacionadas e estudar processos evolutivos.
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