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La biologie des systèmes, qui consiste à comprendre et à prédire le fonctionnement de la machinerie intracellulaire, a besoin d'un nouveau support technologique pour observer le métabolisme cellulaire à tous ses niveaux. Du génome de l'organisme à sa transcription jusqu'aux protéines et à la manière dont ces protéines régulent les pools de métabolites en réponse finale à des stimuli déterminés, il est nécessaire d'examiner de près des états métaboliques spécifiques. La spectrométrie de masse est utilisée pour obtenir des informations intracellulaires au niveau de la métabolomique, de la peptidomique et de la protéomique pour des questions spécifiques concernant l'optimisation des bioprocédés.