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A biologia de sistemas, enquanto compreensão e previsão do funcionamento da maquinaria intracelular, necessita de novos suportes tecnológicos para observar o metabolismo celular a todos os seus níveis. Desde o genoma do organismo até à sua transcrição, passando pelas proteínas e pela forma como estas regulam os pools de metabolitos como resposta final a determinados estímulos, são necessários para observar de perto estados metabólicos específicos. A espetrometria de massa é utilizada para obter informação intracelular ao nível da metabolómica, peptidómica e proteómica para questões específicas relacionadas com a otimização de bioprocessos.