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O problema crescente dos danos causados pelos Begomovirus em culturas economicamente importantes tem gerado um impacto ecológico, social e cultural considerável. A sua incidência e gravidade estão a tornar-se cada vez mais alarmantes em diferentes sistemas de produção agrícola, sendo o tomate o principal hospedeiro. Por este motivo, ao longo de vários anos, surgiram técnicas moleculares e genéticas destinadas a compreender com precisão os mecanismos de ação e resposta que ocorrem durante a interação planta-vírus. O objetivo é elucidar os processos envolvidos na expressão fisiológica da planta e do agente patogénico e, a partir daí, contrariar, inibir, atenuar e/ou eliminar as doenças transmitidas por este e outros tipos de vírus. Este documento monográfico apresenta informações básicas sobre as características dos Begomovírus, o seu mecanismo de infeção e as técnicas moleculares actuais agrupadas dentro das ferramentas "ómicas" para a gestão e controlo destes agentes patogénicos. Espera-se que este documento possa ser útil para a compreensão das principais doenças virais das plantas.