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La caractérisation physico-chimique des margines qui provient de l'unité industrielle moderne de trituration d'olives par centrifugation à trois phases, région de Ghardaïa, a montré que cet effluent est trop chargé en matières organiques évaluées en terme de DCO (1300 mg O2/l.). Il est caractérisé aussi par un pH acide (4.8) et un taux élevé en composés phénoliques (2,2 ug/ml). L'étude microbiologique de ces margines a permis d'isoler trois souches bactérienne Gram positif (Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis et Bacillus subtilis) et cinq types de champignons (Penicillium sp , Aspergillus niger, Aspergillus ochraceus , Aspergillus fumigatus et penicillium chrysogenum), et une seule espèce de levure Saccharomyces cerevisiae.Une extraction liquide-liquide a été effectuée, en utilisant l'acétate d'éthyle. Les dosages des polyphénols totaux ont été déterminés par la méthode de Folin-Ciocalteu. L'activité antibactérienne a été déterminée par la méthode de diffusion sur gélose vis-à-vis des souches isolées à partir des margines. Contrairement aux bactéries d'origine clinique qui étaient sensibles aux extraits phénoliques, nous avons montré que nos souches sont résistantes.