Muchas plantas superiores acumulan sustancias orgánicas que pueden extraerse en cantidades económicamente viables, sirviendo como materia prima con diversas aplicaciones tanto científicas y tecnológicas como comerciales. Estas sustancias naturales son empleadas directa o indirectamente por un gran número de industrias como fuentes productoras de aceite, resinas, taninos, saponinas, caucho, gomas, ceras, colorantes y fármacos. El uso más extendido de la micropropagación vegetativa es la propagación clonal rápida de plantas con genotipos de élite. La técnica es extremadamente útil para obtener clones, en los que se pretende que las plantas producidas tengan las mismas características que la planta madre. Esta técnica garantiza una descendencia uniforme que no podría obtenerse mediante el cultivo de semillas en plantas de reproducción sexual, debido al riesgo de encontrar mucha variabilidad entre los descendientes. El objetivo de esta metodología es producir una gran cantidad de clones genéticamente estables en relación con determinados principios activos.
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