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Il Bhut Jolokia è risultato infetto da un complesso di malattie virali causate da quattro virus, ovvero il virus del mosaico del cetriolo (CMV), il virus Y della patata (PVY), il virus della necrosi delle gemme dell'arachide (GBNV) e il virus dell'arricciamento fogliare del peperoncino (ChLCV). L'incidenza e l'individuazione dei virus sono state effettuate sulla base della sintomatologia, dell'insetto vettore, del test DAS-ELISA e della PCR. Per gestire il complesso di malattie è stato adottato un approccio integrato che comprendeva vari trattamenti, come il trattamento delle sementi, il trattamento in vivaio e il trattamento in campo, in diverse combinazioni.