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O objetivo do manual é fornecer conhecimentos práticos sobre a conceção de fármacos in silico com base em ligandos e o rastreio da toxicidade de moléculas de fármacos alvo conhecidas. Explica a preparação de bibliotecas de farmacóforos de moléculas de fármacos, o rastreio virtual e a docagem (interações proteína-proteína e interação proteína-moléculas de chumbo). Todos os programas informáticos utilizados neste contexto estão disponíveis em servidores Web públicos ou podem ser descarregados gratuitamente para uso académico. O manual segue um percurso lógico a partir das noções básicas utilizadas na descrição da seleção da molécula líder com base na sua propriedade terapêutica e na identificação da semelhança estrutural para a modificação química em grupos específicos. Aqui explicamos a utilização das bases de dados do NCBI e do PUBCHEM para a seleção de ligandos e as suas propriedades físico-químicas. Preparação de uma biblioteca de milhares de compostos com base nos seus grupos funcionais e análise da sua drogabilidade utilizando várias ferramentas bioinformáticas. O manual baseia-se em parte na ¿preparação de bibliotecas, rastreio virtual, seleção de moléculas activas e acoplamento com a proteína-alvö.