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Le malattie infettive emergenti e riemergenti rappresentano una minaccia globale per la salute pubblica, la salute degli animali e la biodiversità. In questo studio abbiamo caratterizzato i virus dell'influenza aviaria (AIV), i paramyxovirus e i coronavirus che circolano negli uccelli selvatici e nei pipistrelli in Egitto, sulla base dei campioni raccolti. I pipistrelli e gli uccelli selvatici sono noti serbatoi di diversi virus ad alto rischio che hanno un impatto sulla salute pubblica. Gli uccelli selvatici, in particolare, sono ospiti e portatori significativi e svolgono un ruolo importante nella diffusione, nella propagazione e nell'evoluzione degli AIV a causa della loro migrazione stagionale. L'analisi filogenetica dei geni HA e M dei virus dell'influenza aviaria circolanti nel pollame e di quelli rilevati negli uccelli selvatici ha rivelato una stretta relazione, suggerendo la trasmissione dagli uccelli selvatici. I ceppi H5N8 isolati sono stati identificati come ceppi egiziani. Analogamente, è stata osservata una parentela filogenetica nei Paramyxovirus (NDV) isolati sia dal pollame che dagli uccelli selvatici, a ulteriore sostegno del ruolo della fauna selvatica nella trasmissione del virus.