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La producción de biodiésel a partir de algas requiere sistemas de cultivo y recolección a gran escala, lo que supone algunos retos, como la reducción del coste por unidad de superficie y la reducción del coste del procesamiento posterior, etc. En la identificación de las especies de biocombustibles adecuadas, el perfil de ácidos grasos es también una consideración importante. A corto plazo, la mejora de los perfiles lipídicos de algunas cepas importantes que tienen altos niveles de eficiencia lipídica mediante técnicas de ingeniería genética, y el uso de tecnologías fotovoltaicas o de fotosíntesis artificial para convertir la energía solar en combustibles líquidos para almacenar una enorme cantidad de energía, y los procesos de reciclaje de CO2 solar para otros productos de valor añadido serán los retos clave para los investigadores.