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A prática mais eficaz e comum para a avaliação dos problemas ambientais é a avaliação a longo prazo da qualidade da água, uma vez que as flutuações espaço-temporais dos parâmetros hidroquímicos e das variáveis biológicas podem ser claramente conferidas e podem ajudar no futuro para a investigação sobre a avaliação do estado de poluição. O estado hidroquímico dos estuários varia tanto temporal como espacialmente e a qualidade da água é geralmente descrita com base nos seus factores físicos, químicos e biológicos e de acordo com a distância da zona costeira, bem como com a fase de maré, várias respostas demonstradas pela qualidade da água das massas de água O fitoplâncton autotrófico é composto principalmente por diatomáceas, dinoflagelados, e pequenos flagelados não armados, mas vários outros tipos de algas estão presentes e ocasionalmente importantes. A abundância e a estrutura composicional do fitoplâncton diferem com base nas estações, lugares e anos. Milhões de espécies foram descobertas a partir do ecossistema estuarino e muitas novas espécies ainda estão a ser exploradas diariamente.