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As limitações na desinfecção endodôntica são colectivamente devidas ao modo de biofilme das bactérias nos sistemas de canais radiculares, complexidades anatómicas, estrutura/composição da dentina, e limitações associadas aos desinfectantes químicos. Consequentemente, são desenvolvidas e testadas estratégias avançadas de desinfecção na Endodontia. O principal objectivo destas estratégias avançadas anti-biofilme é eliminar as bactérias do biofilme das porções não intrumentais e complexidades anatómicas do sistema de canais radiculares sem induzir efeitos adversos nos tecidos saudáveis. Aqui foram discutidos vários factores desafiantes na desinfecção do canal radicular e diferentes estratégias terapêuticas avançadas para biofilmes endodônticos, tais como nanopartículas antibacterianas, terapia antimicrobiana fotodinâmica, desinfecção do canal radicular assistida por laser, ozono, e alternativas herbais/enzimáticas.