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Los indicadores bacterianos convencionales siguen siendo el patrón oro útil en la evaluación de la calidad del agua. Sin embargo, la presencia de bacterias viables pero no cultivables sigue causando graves brotes por el uso de agua contaminada por patógenos para beber y/o con fines recreativos. El objetivo de este trabajo era combinar el método de cultivo con la PCR tanto monoplex como multiplex para determinar el riesgo potencial del agua examinada. Se utilizaron métodos de cultivo para detectar indicadores bacterianos y bacterias patógenas seleccionadas, a saber, Escherichia coli O157:H7, Legionella spp. y Helicobacter pylori. Además, se utilizó la PCR para detectar E. coli O157:H7 y una PCR multiplex para detectar simultáneamente los seis genes de virulencia seleccionados (flic, stx1, stx2, eae, rfbE y hly). Se recogieron ciento setenta y cinco muestras de agua diferentes en Egipto. Se recogieron muestras de agua del río Nilo (rama Rossita), del mar Mediterráneo, de desagües, de aguas residuales hospitalarias y de aguas subterráneas. Se detectaron Legionella spp. y H. pylori por métodos de cultivo en medios selectivos en el 25 y el 33% de las muestras de agua examinadas, respectivamente.