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O diagnóstico de parasitas protozoários precisa de testes super sensíveis e específicos; a questão do impacto na saúde pública das espécies e genótipos Cryptosporidium e Giardia está a surgir. Por isso, é urgente determinar a extensão da diversidade genética dentro das estirpes que afetam humanos ou animais, a fim de compreender a epidemiologia molecular deste Cryptosporidium e Giardia. Este estudo foi concebido principalmente para diagnosticar a infecção por alguns protozoários entéricos através de métodos recentes. Também foram utilizadas técnicas moleculares como RAPD-PCR e genotipagem, e foi construída uma árvore filogenética. Resultados O ensaio imunológico foi feito por três testes. Primeiro, ELISA direto em C. parvum, com uma especificidade de 79,1 % e sensibilidade de 81,1 %. Segundo, teste rápido em tira para G. duodenalis e E. histolytica, para G. duedenalis a especificidade foi de 73,8 % e a sensibilidade de 76,8 %. Em E. histolytica, a especificidade foi de 52,7% e a sensibilidade foi de 42,8%. Em terceiro lugar, o teste de imunodifusão em gel de ágar, com especificidade de 39,4% e sensibilidade de 8,33%. Identificação molecular por RAPD-PCR e genotipagem, árvore filogenética construída para Cryptosporidium parvum, Giardia duodenalis de bovinos.