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El bentos de las aguas dulces representa una variable altamente discriminatoria, ya que estos animales están confinados a microhábitats, recibiendo constantemente materia natural producida en un ecosistema o que se introduce en él. El bentos puede sobrevivir en situaciones de contaminación y en una gran multitud de organismos pertenecientes a diferentes clases y órdenes. Estos incluyen nematodos, anélidos, artrópodos y moluscos en un ecosistema de agua dulce. El bentos suele estar dominado por dos grupos principales de organismos, los gusanos oligoquetos y las larvas de quironómidos, además del tercer grupo común de moluscos. Los crustáceos y varias larvas de insectos menores suelen aparecer en cantidades parciales. La calidad del agua afecta a la composición de las especies, la abundancia y la productividad de los organismos bentónicos de agua dulce. La estructura y composición de estos organismos es un indicador evidente de la calidad del agua.