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Se recogieron ejemplares de Eutropiichthys vacha en dos ríos, el Ganges (Patna, India) y el Kosi (Madhepura, India), para realizar estudios genéticos y filogenéticos de la población. Se utilizaron cinco cebadores OPA para generar los patrones de fragmentos a partir de las muestras recogidas. Se analizaron los polimorfismos dentro y entre las poblaciones utilizando 5 cebadores aleatorios, y se amplificaron 45 loci con un tamaño de entre 250 y 2000 pb. El porcentaje de loci polimórficos fue del 51,1 % y del 55,6 % para las poblaciones del Ganges y del Kosi, respectivamente. La diversidad genética total fue de 0,2173 y el coeficiente medio de diferenciación genética fue de 0,0958. El mayor nivel de diversidad genética dentro de la población, así como el menor entre poblaciones, sugirió una menor tasa de diferenciación entre poblaciones. El flujo genético entre las poblaciones del Ganges y del Kosi fue de 4,7. La medida imparcial de Nei de la identidad genética y las distancias genéticas de las dos poblaciones fueron de 0,9606 y 0,0402, respectivamente. El análisis filogenético mediante RAPD mostró un grupo común entre las dos poblaciones silvestres (Patna y Kosi), aunque están bastante distantes entre sí, pero pertenecen al mismo sistema de drenaje.