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El conocimiento de la variabilidad genética y la relación entre las diferentes accesiones de acerola es importante para maximizar el uso de los recursos genéticos en futuros programas de mejora. El objetivo de este estudio era evaluar la divergencia genética entre accesiones de acerola utilizando marcadores moleculares y características morfoagronómicas. El análisis comparativo de conglomerados reveló que los marcadores utilizados, asociados a características morfoagronómicas, eran eficaces para discriminar entre accesiones y que existía una variabilidad genética potencial para el programa de mejora e información útil, como la indicación de accesiones prometedoras.