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La conservación de los recursos genéticos de los animales domésticos ha sido objeto de especial atención en los últimos años, sobre todo en relación con las poblaciones autóctonas. La búsqueda de estrategias para el uso sostenible de esta diversidad reviste gran importancia para las organizaciones públicas y privadas de todo el mundo. La FAO define la diversidad como el nivel de polimorfismo genético. Las especies autóctonas de rumiantes domesticados incluyen cabras, ovejas y bovinos de Europa, Asia y África. Se considera que estos animales son resistentes, están bien adaptados a las condiciones locales y suelen ser de doble propósito. La conservación de estas razas locales es importante para mantener las tradiciones culturales, como la fabricación de productos típicos por pequeños productores, asociada a las costumbres regionales. Debido a su baja productividad y al desconocimiento de su potencial genético, muchas razas están amenazadas de extinción y se limitan a unos pocos rebaños de conservación. En este artículo se examina el uso de marcadores moleculares para estudiar la diversidad genética de rumiantes autóctonos de reconocida importancia para la biodiversidad local, catalogados y protegidos por la FAO.