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O conhecimento da variabilidade genética e da relação entre diferentes acessos de aceroleira é importante para maximizar o uso dos recursos genéticos para futuros programas de melhoramento. Desta forma, objetivou-se com este trabalho avaliar a divergência genética entre acessos de aceroleira, por meio de marcadores moleculares e características morfoagronômicas. A análise comparativa dos agrupamentos revelou que os marcadores utilizados, associados com características morfoagronômicas, foram eficientes para a discriminação dos acessos e que houve uma variabilidade genética potencial para o programa de melhoramento genético e informações úteis, como a indicação de acessos promissores.