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Eutropiichthys vacha foram coletados em dois rios, Ganga (Patna, Índia) e Kosi (Madhepura, Índia), para estudos genéticos e filogenéticos da população. Cinco primers OPA foram utilizados para gerar os padrões de fragmentos das amostras coletadas. Os polimorfismos dentro e entre as populações foram analisados utilizando 5 primers aleatórios, e 45 loci foram amplificados, variando de 250 a 2.000 pb. A percentagem de loci polimórficos foi de 51,1% e 55,6% para as populações do Ganga e do Kosi, respetivamente. A diversidade genética total foi de 0,2173 e o coeficiente médio de diferenciação genética foi de 0,0958. O nível mais alto de diversidade genética dentro da população, bem como o mais baixo entre as populações, sugeriu uma menor taxa de diferenciação entre as populações. O fluxo genético entre as populações Ganga e Kosi foi de 4,7. A medida imparcial de identidade genética de Nei e as distâncias genéticas das duas populações foram de 0,9606 e 0,0402, respetivamente. A análise filogenética por RAPD mostrou um agrupamento comum entre duas populações selvagens (Patna e Kosi), embora elas sejam bastante distantes uma da outra, mas pertençam ao mesmo sistema de drenagem.