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Natto ist eines der wenigen Produkte, bei denen Bakterien während der Fermentation vorherrschen. Das dafür verantwortliche Bakterium wurde als Bacillus natto identifiziert. Natto ist ein japanisches fermentiertes Sojabohnenprodukt, das einen charakteristischen Ammoniakgeruch hat, Fettsäuren und einen muffigen Geschmack enthält und ein schleimiges Aussehen hat, da es mit viskosen und klebrigen Polymeren aus Glutaminsäure überzogen ist. Sojabohnen (Glycine max L.) werden in Nepal Bhatmas genannt. Die vorherrschenden Sojabohnensorten in Nepal sind weiß, braun, grau und schwarz. Je nach Sorte, Farbe der Samen und Standort hat sie unterschiedliche lokale Namen wie Nepale, Hardi, Darmali, Maily, Kalo, Seto und so weiter. Die B. subtilis-Fermentation von eingeweichten und gekochten Sojabohnen führt zur Proteolyse von Sojapolypeptiden, wodurch ihre Verdaulichkeit, ihr Geschmack und ihr Aroma verändert und die Proteinqualität verbessert werden. Außerdem werden antinutritive Faktoren inaktiviert, unverdauliche Oligosaccharide entfernt und Isoflavone, proteolytische Enzyme und Phytosterole erhöht, die sich positiv auf die menschliche Gesundheit auswirken können.