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La caracterización del germoplasma (almacén de información genética) puede llevarse a cabo mediante análisis morfológicos, bioquímicos o moleculares. El análisis molecular utilizando ADN genómico es fiable, ya que puede realizarse en cualquier estado de desarrollo de la planta y ofrece la oportunidad de comparar eficazmente todas las accesiones. Los marcadores de secuencias simples repetidas (SSR) utilizados han demostrado ser muy informativos para estudiar las relaciones entre especies vegetales estrechamente relacionadas, así como para detectar fácilmente la herencia codominante y mostrar un alto nivel de polimorfismo por locus. Se recogieron 126 accesiones de mijo perla en el norte de Ghana, donde se produce el mijo perla en Ghana. Estas se agruparon en clases de maduración temprana, media y tardía. Se utilizaron 36 marcadores SSR de mijo perla para genotipar 119 de las accesiones, lo que reveló una media de 8,8 alelos por locus (rango de 3 a 20). Los resultados obtenidos indican un alto polimorfismo en las accesiones. El tamaño de los alelos osciló entre 98 y 377 pb. La combinación de datos moleculares y morfoagronómicos dio como resultado la selección de 30 accesiones como núcleo para servir de fuente genética local y específica de rasgos para mejorar el trabajo de mejora genética del mijo perla en Ghana.