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Peste des Petits Ruminants (PPR) é uma doença altamente fatal e economicamente devastadora para as ovelhas e cabras. O presente estudo foi concebido para ter uma visão da epidemiologia molecular do PPR no país e para investigar a persistência e transmissão do vírus PPR usando ferramentas moleculares em condições de campo. Em geral, a doença afectou os três grupos etários de ovinos e caprinos, mas os animais mais jovens foram mais severamente afectados com uma taxa de morbilidade de 37,19%. Os resultados da árvore filogenética indicaram que todas as linhagens PPRV paquistanesas estavam agrupadas na linhagem IV, que é a linhagem mais proeminente e prevalecente da Ásia. Com base na serologia de 19575 amostras de soro de ovelhas e cabras, 27,53% das amostras foram positivas para anticorpos PPR. O antígeno viral PPR foi detectado em matéria fecal durante um mês após a vacinação. Em contraste, os animais não vacinados libertaram o antigénio do vírus em matéria fecal durante até dois meses após a resolução do surto. Tendo em conta todas as descobertas, é indicativo do estado endémico de PPR no país e do papel da persistência da doença, os sistemas de produção de pequenos ruminantes, bem como os movimentos dos animais, são factores chave.