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Recientemente, la metagenómica ha surgido como una alternativa a los métodos convencionales de cribado microbiológico, ya que permite estudiar exhaustivamente las comunidades microbianas en su entorno natural. Esta técnica se utilizó aquí para evaluar el alcance y la diversidad de los mecanismos de resistencia en las comunidades microbianas asociadas a la rizosfera de Erica andevalensis, un brezo extremófilo endémico del río Tinto, España. Para ello, construimos una biblioteca metagenómica utilizando el plásmido pBluescript SKII+ como vector de clonación, aceptando insertos de tamaños comprendidos entre 2500 pb y 8000 pb (par de bases). Nuestra biblioteca contenía 60.000 clones, a los que sometimos a cuatro antibióticos: ácido nalidíxico, tetraciclina, estreptomicina y kanamicina. Frente a ellos, aislamos un clon resistente con una CMI = 10¿g/ml. La secuenciación del inserto y el posterior análisis bioinformático revelaron que se trata de una aminoglucósido fosfotransferasa APH III que actúa por desactivación de la fosforización del antibiótico.