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Los tomates son una fuente importante de antioxidantes como los carotenoides, entre ellos el licopeno y el betacaroteno, la vitamina C, la vitamina E y polifenoles como el kaempferol y la quercetina, con una notable capacidad para eliminar especies de oxígeno activo (AOS). La caracterización y cuantificación de la diversidad genética ha sido durante mucho tiempo un objetivo importante en la biología evolutiva. El análisis de la variación genética tanto dentro como entre materiales de cultivo de élite es de interés fundamental para los fitomejoradores. Los marcadores moleculares han demostrado ser herramientas poderosas para evaluar la variación genética y dilucidar la relación genética dentro y entre especies. En esta tesis, evaluamos los principales fitoquímicos del tomate, prestando especial atención a los compuestos que desempeñan un papel importante en la determinación de la actividad antioxidante y el valor nutricional del tomate. Además, descubrimos las relaciones filogenéticas de las líneas de tomate utilizando SDS-PAGE y marcadores RAPD.