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Este estudo analisa as dificuldades encontradas no ensino do módulo "Genética das populações" no ensino secundário. Situado na encruzilhada entre a genética mendeliana e a teoria da evolução, este módulo é muito complexo em termos conceptuais e epistemológicos. Através de uma abordagem que combina a análise bibliográfica e o estudo didático dos manuais marroquinos "Le nouveau dans les SVT" e "À l'accueil des SVT", a investigação evidencia lacunas na transposição dos conhecimentos científicos: descontextualização histórica, utilização desequilibrada de exemplos biológicos, fraca integração da dimensão evolutiva e confusão concetual persistente. O estudo recomenda a revisão dos manuais escolares, uma melhor contextualização histórica e científica e a formação contínua dos professores para garantir uma maior coerência entre o conhecimento científico e o conhecimento ensinado.