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Ce travail analyse les difficultés rencontrées dans l'enseignement du module ' Génétique des populations ' au secondaire qualifiant. Situé à la croisée de la génétique mendélienne et de la théorie de l'évolution, ce module présente une grande complexité conceptuelle et épistémologique. À travers une approche combinant analyse bibliographique et étude didactique des manuels marocains ' Le nouveau dans les SVT ' et ' À l'accueil des SVT ', la recherche met en évidence des lacunes dans la transposition du savoir scientifique : décontextualisation historique, déséquilibre des exemples biologiques, faible intégration de la dimension évolutive et persistance de confusions conceptuelles. L'étude recommande une révision des manuels, une meilleure contextualisation historique et scientifique, ainsi qu'une formation continue des enseignants afin de renforcer la cohérence entre savoir savant et savoir enseigné.