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La caratterizzazione del germoplasma (archivio di informazioni genetiche) può essere effettuata mediante analisi morfologiche, biochimiche o molecolari. L'analisi molecolare che utilizza il DNA genomico è affidabile poiché può essere effettuata in qualsiasi fase dello sviluppo della pianta e offre l'opportunità di confrontare in modo efficiente tutte le accessioni. I marcatori SSR (Simple Sequence Repeats) utilizzati si sono dimostrati molto informativi nello studio delle relazioni tra specie vegetali strettamente correlate, nonché nel rilevare facilmente l'ereditarietà codominante e nel mostrare un alto livello di polimorfismo per locus. Sono state raccolte 126 accessioni di miglio perlato dal Ghana settentrionale, sede della produzione di miglio perlato in Ghana. Queste sono state raggruppate in classi a maturazione precoce, media e tardiva. Sono stati utilizzati 36 marcatori SSR del miglio per genotipizzare 119 delle accessioni, che hanno rivelato una media di 8,8 alleli per locus (range da 3 a 20). I risultati ottenuti indicano un elevato polimorfismo nelle accessioni. Le dimensioni degli alleli variavano da 98 bp a 377 bp. Una combinazione di dati molecolari e morfo-agronomici ha portato alla selezione di 30 accessioni come nucleo per fungere da fonte genetica locale e specifica per il miglioramento del lavoro di selezione del miglio perlato in Ghana.