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Os genes de virulência das bactérias patogénicas, que codificam toxinas, adesinas, invasinas ou outros fatores de virulência, podem estar localizados em elementos genéticos transmissíveis, tais como transposões, plasmídeos ou bacteriófagos. Além disso, esses genes podem fazer parte de regiões específicas do cromossoma bacteriano, denominadas 'ilhas de patogenicidade' (PAIs). As ilhas de patogenicidade encontram-se tanto em bactérias Gram-negativas como Gram-positivas. Estão presentes no genoma de estirpes patogénicas de uma determinada espécie, mas ausentes ou raramente presentes nas variantes não patogénicas da mesma espécie ou de espécies relacionadas. Compreendem grandes regiões de ADN (até 200 kb de ADN) e transportam frequentemente mais do que um gene de virulência, cujo conteúdo G+C difere frequentemente do restante genoma bacteriano. Na maioria dos casos, as PAIs são flanqueadas por sequências de ADN específicas, tais como repetições diretas ou elementos de sequência de inserção (IS). Além disso, as PAIs de certas bactérias (por exemplo, Escherichia coli uropatogénica, Yersinia spp., Helicobacter pylori) têm tendência a ser eliminadas com elevada frequência ou podem sofrer duplicação e amplificações.