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El virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) muta rápidamente bajo presiones de selección de la inmunidad del huésped, lo que permite la amplificación de mutaciones de escape que permiten al virus evadir la respuesta inmunitaria del huésped. Las primeras secuencias rastreables del subtipo A del VIH-1 (en el repositorio de secuencias) eran de origen africano de mediados de los 80. En los años siguientes, a medida que los virus del subtipo A se diseminaban por todo el mundo, también empezaron a aparecer secuencias de diferentes partes del mundo. En las últimas décadas, el VIH-1 subtipo A se ha establecido en ciertas regiones del mundo, como Kenia, Uganda, Japón, Azerbaiyán, Bélgica, Botsuana, Bielorrusia, Congo y, recientemente, Afganistán y Pakistán. El análisis de los patrones evolutivos de un virus en el contexto de sus poblaciones huéspedes arroja luz sobre las presiones de selección sobre los virus que están asociados con entornos inmunológicos huéspedes específicos. Este tipo de información es útil para diseñar vacunas y medicamentos contra el virus.