Il DNA è un bersaglio primario per i farmaci nella cellula. Si ritiene che la modalità d'azione di molti agenti chemioterapici sia dovuta alla loro capacità di intercalare tra le coppie di basi del DNA a doppia elica. In genere si ritiene che gli atrachinoni esercitino le loro azioni biologiche attraverso il legame con il DNA seguito da un'interferenza con la replicazione del DNA, la trascrizione e l'inibizione dell'espressione genica. La progettazione di piccole molecole farmacologiche che hanno come bersaglio selettivo il DNA, con elevata affinità di legame, ha portato alla scoperta di molti farmaci antitumorali, antibiotici e antivirali. La maggior parte delle molecole mirate al DNA iniziano il loro legame con il DNA a doppia elica in modo non covalente, che successivamente può evolvere in un legame covalente. Il legame non covalente può includere ¿- stacking, legame a idrogeno, interazioni elettrostatiche, di trasferimento di carica e idrofobiche. Tutte queste interazioni possono contribuire al meccanismo di interazione farmaco/DNA, per cui l'obiettivo principale di questo studio è esplorare l'interazione dominante. Queste informazioni sono fondamentali per la progettazione e lo sviluppo di nuovi farmaci.
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