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La presente investigación parte de la importancia del café en México y su compleja problemática. Por su creciente demanda en el mercado, los cafés diferenciados representan una oportunidad para que los productores accedan a mejores precios y puedan seguir aprovechando al café como eje de desarrollo comunitario y regional. Entre los cafés diferenciados los esquemas de certificación orgánica y de comercio justo, así como la calidad del producto ofrecen ventajas competitivas para el sector cafetalero. Esto conlleva a la necesidad de realizar estudios integrales sobre los factores que influyen en la calidad del café orgánico y que permitan diseñar estrategias y acciones para su mejoramiento, defensa y certificación. Por ello se realizó un estudio integral del agroecosistema café orgánico en México con el objetivo de determinar la influencia de los factores ambientales, genéticos, agronómicos y sociales sobre la calidad física y sensorial del café producido por organizaciones cafetaleras distribuidas en regiones de Chiapas, Veracruz, Oaxaca, Puebla y Guerrero.