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Les résultats de cette étude permettent de conclure que le taux d'infection par les endo-protozoaires était plus élevé chez les poissons d'eau douce d'élevage (fermes piscicoles) que chez les poissons sauvages (lac Borullus), que la saison estivale présentait le taux d'infection le plus élevé et que les protozoaires les plus répandus pendant la saison estivale étaient Eimeria spp et Entamoeba chez O. niloticus, tandis que chez C. gariepinus, les parasites sanguins étaient les plus isolés, Trypansoma et Babesia. L'état de santé des poissons examinés (Oreochromis niloticus et Clarias garipinus) a été affecté de manière significative par les paramètres de l'eau tels que les composés azotés et l'état bactériologique. Les valeurs de la numération bactérienne totale et de la numération des coliformes totaux sont en corrélation positive avec les engrais organiques. Il y avait des corrélations positives entre l'eau (composé azoté et statut bactériologique) et le taux d'infection des endo-protozoaires. La concentration en métaux lourds (Fe, Mn, Zn, Cu, Pb, Cd et Hg) dans l'eau était plus élevée dans les fermes que dans le lac Borullus. Aucune corrélation entre le taux d'infection et les niveaux de métaux lourds dans l'eau. La concentration de métaux lourds dans les organes est la suivante : foie > branchies > muscles. Corrélation négative entre les résidus de métaux lourds dans les tissus des poissons et le taux d'infection.