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Il processo di urbanizzazione in atto nei grandi centri urbani ha avuto un drastico impatto sulla quantità e soprattutto sulla qualità dell'acqua. Il bacino del fiume Guaraçau, situato nella parte settentrionale del comune di Guarulhos, comprende aree rurali e urbane con diverse classi di uso del suolo. Per valutare la qualità ambientale, sono state effettuate analisi fisico-chimiche di temperatura, pH, torbidità, conducibilità e fosforo totale, nonché analisi microbiologiche (E. coli) per un periodo di 12 mesi. Le acque superficiali del torrente Guaraçau nella zona rurale sono già compromesse, con un peggioramento della qualità dell'acqua da monte a valle per i parametri fosforo totale ed E. coli, indicando una contaminazione fecale dovuta alla mancanza di servizi igienici di base nella regione. I siti caratteristici delle aree rurali mostrano già gravi segni di degrado, con livelli trofici che vanno dall'oligotrofico all'iperutrofico. Ciò rafforza la necessità di costruire una rete di raccolta e trattamento delle acque reflue presso l'impianto di depurazione di Bonsucesso, inaugurato nel 2011, e di controllare l'occupazione delle aree che producono acqua di buona qualità.