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A produção de azeite gera grandes quantidades de margina, um subproduto poluente. A indústria do azeite enfrenta dois grandes desafios: reduzir o impacto ambiental da margina e tirar o máximo partido dos seus compostos bioactivos, em particular os polifenóis. Esta revisão explora a composição fitoquímica da margina, os métodos de extração de polifenóis e as suas aplicações farmacêuticas. A extração pode ser efectuada por técnicas simples (extração líquido-líquido) ou avançadas (extração por membrana, métodos combinados), com rendimentos variáveis. A composição da margina, incluindo polifenóis, polissacáridos, lípidos, proteínas e sais minerais, varia em função da variedade da azeitona, do clima e da região. Os extractos polifenólicos têm propriedades anti-inflamatórias, antimicrobianas e antioxidantes. Podem ser utilizados na cosmética, na nutrição e no tratamento de doenças como o cancro, a diabetes e a hipercolesterolemia. São necessários mais estudos para garantir que podem ser industrializados e utilizados em seres humanos.