Baumwolle ist die weltweit wichtigste Faserpflanze, die die Wirtschaft mehrerer Länder stützt. Ihr Samenöl ist auch eine wichtige Quelle für Speiseöl, das zum Kochen verwendet wird. Die Baumwollpflanze wird durch eine Reihe von Schädlingen befallen, die nicht nur ihren Ertrag mindern, sondern auch ihre Qualität beeinträchtigen. Insekten entwickeln sich im Laufe der Zeit sehr schnell weiter, und es entstehen neue Rassen, die eine ernsthafte Bedrohung für die Baumwollproduktion und eine große Herausforderung für Baumwollzüchter darstellen. Um dieser Herausforderung zu begegnen, ist es unumgänglich, mit Hilfe moderner Züchtungstechniken insektenresistente Sorten zu entwickeln. Die markergestützte Züchtung ist ein sehr wertvolles Instrument für Pflanzenzüchter, mit dem sich Genotypen mit der gewünschten genetischen Architektur entwickeln lassen. Die Methode erfordert die Bewertung phänotypischer Merkmale und die Genotypisierung mit DNA-Markern. Die Daten der DNA-Marker werden zur Kartierung von QTLs verwendet. Die Techniken, die üblicherweise zur Kartierung von QTLs in Kulturpflanzen verwendet werden, sind einfache Intervallkartierung, zusammengesetzte Intervallkartierung, Markerregression, vereinfachte zusammengesetzte Intervallkartierung, Bayes'sche Methoden, Einzelmarker-Locus-Analyse und multiple Intervallkartierung.
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